新しいパンゴリンコロナウイルスが発見されました

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新しいパンゴリンコロナウイルスが発見されました
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研究者たちは、違法に中国に持ち込まれたジャワの鱗甲目でSARS-CoV2の新しい親戚を見つけることができました。メタゲノムスクリーニングにより、以前に発見されたRaTG13コウモリウイルスおよびSARS-CoV2自体と同じグループに属する2系統のパンゴリンコロナウイルスが明らかになりました。いずれかの系統のSタンパク質の重要な領域は、SARS-CoV2のそれと実質的に一致しており、著者らはこれを平行進化または組換えによって説明しています。プレプリントは2月18日にbiorxiv.orgに掲載されましたが、この論文は現在出版が承認されており、NatureのWebサイトで入手できます。 COVID-19の主題に関する情報の迅速な交換の必要性のために、この作品は加速モードでリリースされ、不正確さが含まれている可能性があります。

パンゴリンの鱗は、保護されているにもかかわらず、漢方薬で最も積極的に使用されており、これらの動物の肉は珍味として郷土料理で高く評価されています。パンゴリンの違法な輸入は膨大です。たとえば、香港海関でこれらの動物の8、3トンの体重計がかつて逮捕された方法について書きました。 COVID-19パンデミック時のコロナウイルスのゲノムの研究は、大量のトラフィックが鱗甲目だけでなく人間にとっても危険である可能性があることを示唆しました。流行の初めから、COVID-19の初期の患者はすべて武漢市場に関連していることが知られており、あるバージョンによると、ウイルスはそこで販売されているいくつかの野生種と一緒に導入されたため、鱗甲目が疑われました。

2019年の秋、流行が始まる前でさえ、広東野生生物救助センターが公開できなかった11のジャワセンザンコウ(Manis javanica)のメタゲノムに関する記事が公開されました。これは、パンゴリンのウイルスの多様性に関する最初の研究の1つであり、とりわけ、研究者は、パラインフルエンザやコロナウイルスと同様に、それらの中にRNAの断片を発見しました。

COVID-19の流行により、これらのデータは作成および改訂され、それらからパンゴリンコロナウイルスのドラフトゲノムを収集しようとしました。 2020年2月7日、このゲノムはSARS-CoV2と99%一致するという情報が南中国大学のウェブサイトに掲載されましたが、その後、2月20日にプレプリントがリリースされた後、誤解。それはゲノム全体ではなく、Sタンパク質の重要なドメインに関するものであり、ゲノム全体が90.2パーセント一致していることが判明しました。

香港大学と汕頭大学の科学者は、ジャワの鱗甲目のメタゲノムを独自に分析しました。彼らは、2017年から2018年に中国南部の広西チワン族自治区で違法取引業者から押収された18頭の動物の組織サンプルを組織サンプルとして使用しました。 RNAシーケンスにより、そのうち5つ(6つの組織サンプル)でコロナウイルスが検出されました。ゲノムデータに基づいて、記事の著者は実験室試験の類似体を作成し、さらに12の鱗甲目を試験しました。そのうちの3つでは、コロナウイルスが再び肺組織で発見されました。

さらに、著者らは、パンゴリン組織からコロナウイルスゲノムを収集し、2019年3月に広東省で同様の方法で押収し、同時に9月の作業のデータからウイルスのコンセンサスゲノムを再構築しました。このようにして、合計で8つの完全またはほぼ完全なウイルスゲノムが手元にありました。サンプル数に応じて6つは広西チワン族自治区から、2つは広東省からのものです。

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パンゴリンウイルスの位置が赤い点でマークされているコロナウイルスの系統樹

新しいゲノムは、系統樹上のSARS-CoV2と比較したパンゴリンウイルスの位置をもう一度確認しました。馬蹄形ウイルスRaTG13よりも遠いですが、他のすべてよりも近いです。同様に、パンゴリンウイルスのACE2受容体の結合部位はSARS-CoV2と非常に類似しているが、一般に新しいゲノムは85、5-92、4パーセント一致しているという情報が確認されました。

この記事の著者は、この偶然を説明できる2つのシナリオを提供しています。ヒトのACE2タンパク質は、コウモリのACE2よりもパンゴリナに似ています。ウイルスがこのタンパク質にうまく結合することは非常に重要であるため、これに寄与する変異は簡単に修正できますが、残りのゲノムはよりゆっくりと変化します。その結果、2つの比較的離れたウイルスは、同様のACE2受容体への適応と同じ変異を獲得する可能性があります。

2番目のバージョンによると、議論されたウイルスとそのこれまでのところ未知の近縁種が属する系統の代表者の一部は組換えを受ける可能性があり、2つのウイルスがSタンパク質の領域を交換し、最終的に同じ宿主内に行き着きます。記事の著者は、最も可能性の高いオプションを正確に示すことはできませんが、新しいデータが利用可能になったときに謎が解決されることを望んでいます。

エディターから

組換え仮説は、SARS-CoV2の起源の周りで豊富に成長し、議論されている陰謀説を助けません。最近私たちの資料で。 RaTG13ゲノムを取得し、その中のSタンパク質領域をパンゴリニウムで置き換えたとしても、最終的なウイルスには、SARS-CoV2とは異なる大量の変異がゲノム全体に散在しています。

さらに、コロナウイルスでの組換えは実験室の外でも発生する可能性があり、さらに、それは自然界に広まっています。この現象は鳥のコロナウイルスで発見され、それも引き起こしました。 2015年にMERS肺炎が発生し、コウモリウイルス内での組換えが2003年の流行への道を開いた(コロナウイルスの宿主変化における組換えの役割の詳細については、レビューを参照)。

SARS-CoV2コロナウイルスに関する現在の研究と最新ニュースについては、別のトピックと更新されたブログ「コロナウイルスクロニクル」で詳細をフォローできます。

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